關聯企業實質合并這一規則嚴格來說是對企業法人人格獨立的否認。公司法人格獨立、有限責任制度作為現代公司法的基石，實質合并這一行為本身在現代公司法框架下飽受爭議，在企業破產法中也并無明文規定。

隨著當代市場的不斷發展和公司經營模式的層出不窮，在現有法律制度體系下處理破產案件的過程中不斷出現新的問題。大量企業在經營過程中通過其關聯企業進行利益輸送、或產生大量的關聯債務及互相擔保，一旦企業進行破產程序，則其關聯企業也將面臨債務危機，乃至破產風險。

此類情形下，如果堅持用法人人格獨立的原則來適用單個企業或其關聯企業的破產申請，勢必會加大企業或其債權人的訴累，增加司法機關的司法成本，關聯企業實施合并破產的問題亟待建立、健全相關配套的規則、制度。

根據最高人民法院印發的《全國法院破產審判工作會議紀要》規定，人民法院收到實質合并申請后，應當及時通知相關利害關系人并組織聽證，聽證時間不計入審查時間。人民法院在審查實質合并申請過程中，可以綜合考慮關聯企業之間資產的混同程序及其持續時間、各企業之間的利益關系、債權人整體清償利益、增加企業重整的可能性等因素，在收到申請之日起三十日內作出是否實質合并審理的裁定。符合條件的，可例外適用關聯企業實質合并破產方式進行審理。

相關法律規范性文件尚未有關于該申請期限或申請階段的明確規定。實踐中常分為兩種情況：其一，破產企業及其關聯企業進入破產程序后，破產企業及其關聯企業各自申請破產后，由管理人或債權人等申請關聯企業實質合并破產，例如，指導案例165號《重慶金江印染有限公司、重慶川江針紡有限公司破產管理人申請實質合并破產清算案》中，管理人依申請對關聯企業進行實質合并破產清算。其二，在破產企業及其關聯企業尚未進入破產程序前，由債權人或破產企業等作為申請人向人民法院申請將關聯企業進行實質合并破產。需要注意的是，申請人在申請階段應當就破產企業與關聯企業間的關聯關系、人格混同等承擔相應的舉證責任。

關聯企業是指與其他企業之間存在直接或間接控制關系或重大影響關系的企業。人民法院在認定關聯企業人格混同或存在關聯關系時，通常從如下幾個方面進行判定：人員結構、組織架構、交叉持股、財務混同、關聯債務及互相擔保等方面。

例如，本批指導案例中，指導案例163號《江蘇省紡織工業（集團）進出口有限公司及其五家子公司實質合并破產重整案》中，該案人民法院認為，關于人格混同的表現形式有如下方面：人員任職高度交叉，未形成完整獨立的組織架構；共用財務及審批人員，缺乏獨立的財務核算體系；業務高度交叉混同，形成高度混同的經營體，客觀上導致六家公司收益難以正當區分；六家公司之間存在大量關聯債務及擔保，導致各公司的資產不能完全相互獨立，債權債務清理極為困難。

人民法院在收到申請人提交的關于適用關聯企業實質合并破產的申請后，應當進行實體審理，或可依申請舉行聽證后對已進入破產程序的關聯企業進行實質合并破產清算。

例如，指導案例165號《重慶金江印染有限公司、重慶川江針紡有限公司破產管理人申請實質合并破產清算案》中，根據金江公司和川江公司管理人實質合并破產清算申請，法院組織申請人、被申請人、債權人委員會成員等利害關系人進行聽證，查明兩公司法人人格高度混同、相互經營中兩公司債權債務無從分離且分別清算將嚴重損害債權人公平清償利益，故管理人申請金江公司、川江公司合并破產清算符合實質合并的條件，人民法院裁定對金江公司、川江公司進行實質合并破產清算。

例如，指導案例163號《江蘇省紡織工業（集團）進出口有限公司及其五家子公司實質合并破產重整案》，合并重整程序啟動后，管理人對單個企業的債權進行合并處理，同一債權人對六家公司同時存在債權債務的，經合并進行抵銷后對債權余額予以確認，六家關聯企業相互之間的債權債務在合并中作抵銷處理，并將合并后的全體債權人合為一個整體進行分組。根據破產法規定，債權人分為有財產擔保債權組、職工債權組、稅款債權組、普通債權組，同時設出資人組對出資人權益調整方案進行表決。該公司通過引入優質資產進行重組，盤活企業經營；調整出資人權益，以“現金+債轉股”的方式統一清償債務，并引入“預表決”機制等方式，較好地保障了債權人的知情權和選擇權，自主發表意見，從而使“債轉股”清償方式得以順利進行。

適用實質合并規則進行破產清算的，破產程序終結后各關聯企業成員均應予以注銷。適用實質合并規則進行和解或重整的，各關聯企業原則上應當合并為一個企業。根據和解協議或重整計劃，確有需要保持個別企業獨立的，應當依照企業分立的有關規則單獨處理。關于人民法院裁定實質合并時利害關系人的權利救濟方式，根據最高人民法院印發的《全國法院破產審判工作會議紀要》規定，相關利害關系人對受理法院作出的實質合并審理裁定不服的，可以自裁定書送達之日起十五日內向受理法院的上一級人民法院申請復議。

例如，指導案例165號《重慶金江印染有限公司、重慶川江針紡有限公司破產管理人申請實質合并破產清算案》中，人民法院的裁判理由載明，公司作為企業法人，依法享有獨立的法人人格及獨立的法人財產。人民法院在審理企業破產案件時，應當尊重企業法人人格的獨立性。根據企業破產法第二條規定，企業法人破產應當具備資不抵債，不足以清償全部債務或者明顯缺乏清償能力等破產原因。因此，申請關聯企業破產清算一般應單獨審查是否具備破產原因后，決定是否分別受理。但受理企業破產后，發現關聯企業法人人格高度混同、關聯企業間債權債務難以分離、嚴重損害債權人公平清償利益時，可以對關聯企業進行實質合并破產清算。

如上所述，人民法院及時對各關聯企業進行實質性的合并，符合破產法關于公平清理債權債務、公平保護債權人、債務人合法權益的原則要求。有利于公平清理債權債務，公平保護全體債權人和債務人的合法權益，從而維護社會主義市場經濟秩序。在關聯企業存在人格高度混同及不當利益輸送的情形下，不僅嚴重影響各關聯企業的債權人公平受償，同時也嚴重影響了社會主義市場經濟的公平競爭原則，從根本上違反了企業破產法的實質精神。